Skanowanie 3D pomaga naukowcom Crabby zbierać dane

Obecnie istnieje 1100 gatunków krabów pustelnikowych, choć prawdopodobnie w muzeach jest ich o wiele więcej - z powodu ich niewielkich rozmiarów i podobnych, błoniastych ciał, gatunki pustelników są trudne do zidentyfikowania dzięki wspólnym cechom CD3D .

Taksonomia to nauka o definiowaniu grup organizmów biologicznych na podstawie wspólnych cech, a następnie nazw grup. . Taksonomiści nie mogą właściwie zidentyfikować gatunku bez intensywnego badania i badania oryginalnych ilustracji i opisów stworzenia, z których większość nie została jeszcze zdigitalizowana. Często naukowcy mają możliwość wypożyczenia cennych próbek z muzeów.

Ostatnio w czasopiśmie GigaScience opublikowano wyniki badań przeprowadzonych przez naukowców z Uniwersytetu w Kapsztadzie i Uniwersytetu Stellenbosch w Południowej Afryce, zawiera informacje na temat ostatnich prac wykonanych dzięki najnowszej funkcjonalności dostępnej dla publiczności za pośrednictwem repozytorium GigaDB. GigaDB oferuje teraz dane wizualne 3D, które można wbudować za pomocą widżetów, o rzadkich okazach kraba pustelnika i trzech niedawno odkrytych gatunków, dzięki technologii skanowania 3D mikro tomografii komputerowej (CT).

" udostępniając te dane mikroCT, taksonomowie mają potencjalnie więcej czasu i mniejszych kosztów na badanie i porównywanie okazów do badań taksonomicznych, a także zapewniają nowe możliwości edukacji i szkoleń "- wyjaśnia Scott Edmunds, redaktor naczelny GigaScience w poście na blogu. "Aby ułatwić dostęp do tych danych, autorzy wykraczają poza samo opisywanie gromadzenia danych i ustaleń, dostarczając pobieralne, interaktywne pliki wszystkiego w tym badaniu."

Paragiopagarus Atkinsonae F Paratype GigaDB na Sketchfab

Skanowanie 3D i skanowanie mikro-CT pozwala taksonomom, naukowcom i naukowcom na łatwiejszy sposób na zbadanie zwierząt, takich jak krab pustelnik, bez konieczności przechwytywania jednego lub wypożyczenia próbki z muzeum kolekcja prywatna.

Zgodnie z badaniem GigaScience na temat tej metody, "Laboratoryjna tomografia mikroskopowa (micro-CT) jest szybko rozwijającą się metodą w badaniach naukowych, która pozwala na nieniszczące obrazowanie struktur morfologicznych. "

GigaDB udostępnia teraz wydruki 3D do wydruku, interaktywne przeglądarki internetowe i klipy wideo dostępne do pobrania. Do ich pracy, JannesLandschoff, Anton Du Plessis i Charles L. Griffiths wykorzystali tę nową funkcję do zeskanowania siedmiu różnych próbek pustelników, w tym jednego nieznanego gatunku, trzech, które niedawno odkryto, oraz dwóch rzadkich gatunków, w tym jednego z głębinowego siedliska.

"Badanie to wyraźnie pokazuje siłę tej techniki, a powiększenie pozwala na precyzyjną identyfikację tekstur powierzchni, które często są pomijane na zdjęciach lub nawet w rysunkach ręcznych" - powiedział autor Du Plessis o zaletach rentgenowskiego mikroskopu -CT skanowanie zapewnia analizę i wizualizację nowych gatunków.

Fizyczne okazy, które badacze wykorzystali w tym badaniu, obecnie znajdują się w Smithsonian National Museum of Natural History i Iziko South Africa Museum. Ale dzięki nowej funkcjonalności 3D inni badacze mogą badać próbki w ich zawartości serca bez konieczności opuszczania salonu.

"Przeglądarka modeli 3D umożliwia interaktywne badanie obrazów CT i MRI. Ten rozwój interfejsu ma ogromny potencjał dla Digital Biology i umożliwia łatwe badanie morfologii i wzorców ekspresji genu in situ za pomocą komputera stacjonarnego, laptopa lub urządzenia mobilnego "- wyjaśnia Chris Armit z GigaScience, który wdrożył nową przeglądarkę Sketchfab w GigaDB. "Będziemy rozszerzać narzędzia wizualizacji, aby umożliwić eksplorację złożonych danych obrazu przechwyconych za pomocą technik obrazowania optycznego i obrazowania molekularnego."

Dzięki tej nowej funkcjonalności naukowcom udało się opublikować najnowszy opis gatunku Diogenes albimanus w czasopiśmie Zootaxa.

"MicroCT jest wciąż stosunkowo nową techniką taksonomii" - wyjaśniał pierwszy autor Landschoff, gdy Giga zapytał go o badania. "W celu opisania nowych gatunków krabów pustelniczych, dane te były szczególnie przydatne do zwizualizowania zwapnionych twardych struktur z wykorzystaniem trójwymiarowych obrazów renderowanych powierzchniowo. Dobry opis taksonomiczny gatunku jest wysoce zależny od jakościowej ilustracji cech identyfikacyjnych gatunków kandydackich.

"Opublikowanie zbioru danych sprawia, że ​​hipoteza naukowa nowego gatunku jest łatwiejsza do oceny, nie tylko w proces wzajemnej oceny, ale także w późniejszych badaniach. W tym samym czasie te awatary do pobrania mogą działać jako polisa ubezpieczeniowa, jeśli próbki typu zostaną uszkodzone lub utracone.

"Myślę, że kraby pustelnicze stanowią grupę wymagającą skanowania CT, ponieważ ich pleon jest miękki, i ponieważ mają wiele drobnych skalIdentyfikatory soft-tissue ID. W swoich wnioskach z mojej pracy stwierdziłem, że pustelnicy są być może najgorszymi możliwymi organizmami modelowymi w obrębie Decapody do skanowania CT, ale skany były cenne. W skrócie, jeśli kraby pustelników można zeskanować, inne grupy, takie jak Brachyura, które są całkowicie zwapnione, będą bardzo odpowiednie do skanowania. "